高天原凪は普通の男子高校生として高校に入学するはずだった。
　だが、色々な事情のため、女性として高校生活を送るはめになる。
　彼は如月紅音という女生徒と同室となり、
　神無倉真白、古雪紫齊、星翔葉月という友人と知り合い、
　健全な男子としては到底あり得ない悶々とした生活を送り始めた。
　そんな彼の生活を変えたのは、不思議な黒い炎による殺人事件だ。
　この事件で知り合った葉月の身体を借りているという女性。
　彼女は自分を神の先兵であるイヴだと名乗る。
　それを切欠に、凪は天使と悪魔の戦いに巻き込まれることになってしまう。

　幾つかの事件を経て、凪は自らの内にルシードと呼ばれる
　異能の力が存在していると知らされた。
　ほどなくして、紅音の中に封じられていた終末の獣リヴィーアサンが蘇る。
　リヴィーアサンはイヴの育ての親であり、伝説の悪魔でもあった。
　そんな彼女は紅音の身体と共に悪魔の住むインフィニティへと向かう。
　凪は紅音をリヴィーアサンから解放するために、
　天使の住まうアルカデイアへと向かい、ルシードの力を発現させた。
　ルシードの力で凪とイヴは、インフィニティへと侵入する。
　そこで凪は、イヴがかつて共に暮らしていた三人の女性と出会った。
　彼女たちはクリア、クランベリー、カシス。
　また、イヴはそこでルージュと呼ばれていた。
　上手く彼女たちの妨害を切り抜けるが、天使の一団が現れ、
　クリアとクランベリーを暴行した挙句に殺害する。
　生き残ったカシスに案内され、凪はインフィニティの第二層コキュートスへと
　到達する。凪とイヴは、その中心にある万魔殿に二人で突入した。
　万魔殿の屋上で紅音と再会した凪は、彼女を身体を奪ったリヴィーアサンとの
　激しい闘いの末に、彼女を救うことに成功する。
　学園へと帰ってくる凪と紅音だが、そこにイヴの姿はなかった。
　イヴは神に呼び出されエリュシオンに辿り着き、
　人格が変わるほどの何かを神から賜ることになる。
　凪は兼ねてよりの気持ちを拒否され、紅音に振られていた。
　そして、後をついてきたカシスと一夜を共にする。